В соответствии с законом о государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации экспертные исследования квалифицируют по характеру их проведения. Различают единоличную, комиссионную и комплексную экспертизы. Если первый из перечисленных вид экспертизы выполняется одним экспертом, то остальные два проводятся группой специалистов. Комиссионная и комплексная экспертизы похожи между собой и для проведения и той и другой требуется несколько экспертов. Основным отличием этих видов исследований является то, что в случае с комплексной экспертизой требуются эксперты, компетентные в различных областях знаний. В отличие от комплексной комиссионная судебная экспертиза проводится группой специалистов одного научного направления, называемой комиссией.
Специалисты, входящие в комиссию, проводят исследования относительно одних и тех же объектов и отвечают на одни те же вопросы. Методы, цели и последовательность исследований определяются комиссией совместно. В то же время при непосредственном проведении экспертизы и формулировании выводов каждый специалист независим от мнений остальных членов комиссии. Для проведения исследования собственно объекта экспертизы (пострадавшего, вещественных доказательств, документов и прочего) обычно приглашаются все члены комиссии. Несколько членов комиссии обязательно участвуют в следственных действиях, проводимых в ходе дела, таких как осмотры, следственные эксперименты, допросы. Часто результаты, полученные в ходе следственных действий, являются базой для последующего проведения экспертизы. Комиссией руководит назначенный главой экспертной организации эксперт-руководитель, но при этом никаких особых полномочий при формулировании выводов он не имеет.
Полученные каждым экспертом выводы обсуждаются на совместном совещании комиссии. В итоге проведенной комиссионной судебной экспертизы формируется отчет, включающий в себя общий ответ на поставленные перед экспертами вопросы. К конечному выводу эксперты приходят коллегиально, учитывая выводы, сформулированные каждым участником комиссии. При согласии с полученным конечным выводом всех членов комиссии, все специалисты ставят свою подпись под общим заключением. В противном случае специалист несогласный с какими-либо из полученных выводами или их частью излагает свое собственное мнение и подписывается под ним.
Как уже было сказано выше, комиссионная экспертиза подразумевает участие двух или более экспертов одной специальности. В случае, когда направленность поставленных вопросов выходит за пределы одного научного направления, экспертиза приобретает статус комплексной. Однако понятие «специальности» не определено законом однозначно. Это порождает множество толкований, которые ведут к процессуальным сложностям при назначении экспертизы и определении состава экспертов.
Комиссионный характер экспертизы может определяться либо судьей, либо следователем, либо другим лицом, ведущим дело. Кроме того, комиссионная экспертиза может назначаться руководителем экспертной организации, которой получено проведение исследований.
Учитывая неоднозначность толкования понятия специальности, нормативными актами установлен перечень случаев, в которых предусмотрено проведение комиссионной судебной экспертизы. К числу таких случаев можно отнести убийства двух или более лиц, детей, сотрудников правоохранительных органов; экспертизы трупов иностранных граждан или расчлененных трупов; экспертизы жертв массовых катастроф. Также комиссионный характер должны иметь экспертизы, призванные определить влияние травмы на уже имеющиеся заболевания или призванные определить общую трудоспособность потерпевшего.
Чаще всего комиссией производятся первичные или повторные экспертизы в особо сложных случаях при рассмотрении дел о нарушении медицинским персоналом своих профессиональных обязанностей, а также при рассмотрении дел о полной или частичной утрате трудоспособности.